1998年3月6日，经中国证监会批准，南方基金管理有限公司作为国内首批规范的基金管理公司正式成立，成为我国“新基金时代”的起始标志。

2018年1月4日，南方基金管理有限公司整体变更设立为南方基金管理股份有限公司（以下简称“南方基金”）。2019年7月30日，经中国证监会核准，南方基金完成实施员工持股计划，通过员工持股和股东增资，注册资本增至36172万元人民币。目前，南方基金有8家股东，分别为华泰证券股份有限公司、深圳市投资控股有限公司、厦门国际信托有限公司、兴业证券股份有限公司、厦门合泽吉企业管理合伙企业（有限合伙）、厦门合泽祥企业管理合伙企业（有限合伙）、厦门合泽益企业管理合伙企业（有限合伙）、和厦门合泽盈企业管理合伙企业（有限合伙）。